MSF a mis en place un certain nombre de contrôles pour limiter les risques de fraudes.

• Surveillance des fraudes : l’alerte est assurée par le système de veille des cabinets d’avocats qui collaborent avec MSF, la vigilance des services de communication de l’organisation et le public lui-même. Nous sommes régulièrement alertés par des personnes qui ont reçu un mail ou un courrier suspect, des ouvertures de postes requierant des frais de candidatures, et qui ont l’excellent réflexe de vérifier auprès de nous l’origine de ces derniers.
• Limiter les risques de fraude : le principal moyen de limiter la fraude est l’information. Nous avons développé différents outils d’information sur notre association, notamment sur notre site internet. Un espace « Contactez-nous » sur notre site permet d’entrer en contact avec nous pour vérifier une information ou l’origine d’un courrier. 
• Protection de la marque : Médecins Sans Frontières est une marque déposée dont la protection est assurée par le service juridique de l’organisation à l’échelle internationale. Nous surveillons les utilisations de la marque Médecins Sans Frontières et des noms proches qui pourraient créer la confusion, sur tous les supports y compris internet, nous intervenons pour faire cesser ces utilisations et portons plainte au besoin.